本校の開設は１８９６（明治２９年）１０月１日に、本室蘭尋常小学校の仮分教場としてキモンタイ番外地に開設されたのが始まりとされる。校名は地名に由来する。（キモンタイは「山の中にある森林」という意味のアイヌ語から来ている。）

第４代　六呂田弥市校長時代、昭和14年に「校旗・校章」が制定されました。当時の記録は残されておりませんが、次のような願いをもって児童の教育にあたったと思われ、現在もその精神を受け継いでいます。

桜花⇒清潔で、しかも美しい心と良い態度で日々発展するように

喜⇒良き環境の中にある喜門岱小学校が、円満幸福に育つように

平成８年の開校１００周年の際に、この校章が入った校旗を新調しました。左図は開校１００周年を記念して製作された現在の校旗のデザインです。

現在地は、校舎の老朽化と地域的な偏りの解消のため、 昭和４０年６月５日に香川町１３９番地より移転したものである。建築当時は、 床面積４９５平方メートルの平屋で、普通教室２、特別教室１、職員室・体育館（４２，７６平方メートル、 昭和６１．９．１７ 増設完了） 理科室準備室・炊事場・宿直室・便所があり、その後一部改修工事が行われた。平成９年度に室蘭市が危険度調査を実施し、その結果、平成１０年度に校舎全面改築されることとなった。

　新校舎の工事は、平成１０年６月１８日から始まり、平成１１年２月２６日に完成した。同日、間借り先の本輪西小学校より移転し、現在に至っている。校舎周りの外構工事は、 平成１１年度に行われ、前庭には、大小５つの花壇が新しく造成された。

　新校舎は、木調の外壁と切妻屋根からなり、木造風の「自然の中の学校」を強調し、内装にも自然木を使用し、木の柔らかさによる温かい雰囲気になっている。また解放型普通教室とそれに接続する多目的スペースを中心に、複数用途の使用が可能という造りになっている。前庭は、本校の伝統である花壇を中心に、「木のベンチのある広場」となっている。